中国医药工业研究总院（以下简称“医工总院”）缘起于国家于1957年创建的上海医药工业研究院。
上海医药工业研究院是我国医药行业的科研大院和技术创新基地，2000年进入中央企业序列，先后隶属于中央企工委、国务院国资委。2010年4月，根据国务院国资委“打造中央企业医药健康产业平台”的要求，原上海医药工业研究院与国药集团、中国生物技术集团重组形成新的“国药集团”。
2010年12月，经国药集团董事会研究决定，在上海医药工业研究院等单位的基础上，建立医工总院。